|
|
Use of residue-level annotations for structural prediction of protein-ligand binding sites
Břicháčková, Kateřina ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Galgonek, Jakub (oponent)
V posledních 20 letech se počet experimentálních proteinových struktur v databá- zi Protein Data Bank rychle zvyšuje, což motivuje vývoj nástrojů pro predikci protein-ligand vazebných míst. Strukturní predikce vazebných míst má mnoho důležitých aplikací; je klíčovým krokem v komplexním procesu návrhu léčiv, pomáhá objevovat vedlejší účinky léčiv, umožňuje chápat biologické funkce pro- teinů a je využívá se i v mnoha jiných oborech, jako je protein-ligand docking nebo molekulová dynamika. Pokud je autorce známo, dosud nebyla provedena studie, která by systematicky zkoumala obecné vlastnosti známých vazebných míst na velkých datasetech. Tato práce se zaměřuje na analýzu těchto vlast- ností, s využitím existujících experimentálních i predikovaných anotací primární a terciální struktury proteinu. Je zde představena metoda pro statistickou analýzu těchto anotací, která je založena na testování hypotéz a odhadu velikosti účinku. Metoda je implementována v jazyce Python a lze ji jednoduše rozšířit o nové ano- tace definované uživatelem. Použití je demonstrováno na 33 existujících anotacích a čtyřech různých datasetech. Praktická významnost výsledků je otestována s po- mocí metody P2Rank. Výsledky i...
|
|
|
Strukturně- a sekvenčně-závislá identifikace funkčně významných aminokyselin v proteinové rodině.
Peclinovská, Iveta ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Pleskot, Roman (oponent)
Skupina malých GTPáz tvoří přes dvacet proteinových rodin v super třídě P-loop a má v buňce velmi rozličné funkce. Malé GTPázy regulují tvorbu vezikulárních váčků, cytoskelet a jaderný transport. Podílejí se též na buněčné proliferaci a signalizaci. Cílem mé práce je nalézt významné aminokyseliny, které rodiny definují a navzájem od sebe odlišují. Zaměřuji se na rodiny Arf, Rab, Ran, Ras a Rho. U rodiny Rho se dále věnuji třídám Rho, Rac a Cdc42. Aminokyseliny budou identifikovány za pomoci vybraných bioinformatických programů Consurf a Sca5. Cílem je také otestovat specializovaný nástroj P2RANK vyvinutý na MFF UK Praha, který predikuje vazebná místa pro ligandy v jednotlivých rodinách. Nalezené aminokyseliny mohou mít velkou úlohu ve funkční divergenci jednotlivých rodin a tříd malých GTPáz a mohou být základem pro další studii věnující se např. rakovinnému bujení v buňkách. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.